1928年，国立第四中山大学医学院由于办学规模较小，仅下设教务和总务两大职能部门，各设主任1人。总务处下又分设会计、庶务、文书、注册四个课，其中“文书”的职能与以后的校长办公室文秘组近似。1931年初，国立中央大学医学院时期，设立教务、事务、文书三室，各设主任1人。规定文书室主任秉承院长处理本学院文书及其他关系全院各事宜，并规定了文书室的具体工作职责。1932年9月，国立上海医学院成为独立建制，学院设立新的院务会议，重新制定会议章程。章程规定，院务会议审议和处理院内外一切事宜；院务会议由院长主持，教务和总务主任、各学科（基础、临床）主任、医院院长、各事务课主任及教授代表参加。并将文书组设在事务课下。1939年后，学院设院长室，并设专职秘书1人，辅助院长处理行政文案工作。
1952年1月，学校成立院长办公室，同年10月，学校更名为上海第一医学院。首任办公室主任由何霖担任。1953年起，另设教学研究副院长办公室，分管教学、科学研究和苏联专家等工作。在随后不同的历史阶段，由于学校办学规模的扩大和校名的变更等原因，办公室的名称及下设科室也不尽相同，并几经成立与撤并的反复。1952年院长办公室下设人事、秘书两科；1955年增设医院管理科；1957年2月，院长办公室被撤销；1960年起又恢复设立院长办公室；1962年，院长办公室下设秘书科和保健科；“文革”期间更名为革委会办公室；1976年，重新恢复院长办公室名称。
1956年2月，校党委会设立办公室，为党委会的综合办事机构。1966年4月，校党委会成立政治部，办公室归属政治部。1972年12月，校党委会重建。1978年11月，办公室重建。
1985年5月14日，学校更名为上海医科大学，院长办公室也随之更名为校长办公室，校办工作逐步形成稳定、规范的工作格局。其职责范围、功能与作用都有了很大变化，人员数量也从建校之初的2-3人发展到近20人。
1992年12月，学校进行机关管理体制改革，为精简机构和职数，便利党政工作的协调，决定党委办公室与校长办公室（以下简称“两办”）合署办公，成立校办公室。党委会对上级及下属单位的党务工作联系仍以党委办公室名称进行。1993年学校为争列“211工程”，正式成立“211工程”领导小组，下设“211工程办公室”，负责相关的组织、协调和管理工作，该办公室挂靠校办。1996年成立校庆办公室，1997年成立校友会，均挂靠校办。
1997年7月，对外恢复使用“两办”名称，仍然合署办公。
1998年12月，党委办公室和校长办公室分开独立办公。
2000年4月，上海医科大学与复旦大学强强联合。医学院机关启动改革。2001年1月，医学院机关与校部机关归并。学校成立枫林校区管理委员会，下设办公室。
2008年，为进一步促进医科发展，增强医科对外联络能力，加强对医科建设的督促检查、咨询建设和协调服务，学校成立医学中心，设办公室。
2010年10月，学校决定设立医学综合事务办公室等五个办公室，正处级，隶属上海医学院。2011年4月，经公开选拔，校党委任命医学综合事务办公室处级干部。办公室的工作地点为治道楼五楼。
2012年7月，为进一步理顺机关职能，精简办事机构，提高运行效率，学校对部分机构进行调整、合并。复旦大学组建学校办公室，党委办公室、校长办公室职能整合，机构并入。新的上海医学院行政领导班子建立。新的上海医学院作为学校党政的派出机构，代表学校统筹大医口的发展。医学综合事务办公室更名为上海医学院办公室。
2017年，中共复旦大学上海医学院工作委员会成立，是学校党委的派出机构。上海医学院办公室协助党工委，加强了医学院层面的宣传工作和附属医院党建工作。
2018年12月21日，教育部、国家卫生健康委员会、上海市人民政府正式签约，共建托管复旦大学上海医学院及其直属附属医院。
2019年6月14日，复旦大学上海医学院领导班子宣布会议举行。上海市委决定，建立中共复旦大学上海医学院委员会和中共复旦大学上海医学院纪律检查委员会。
2019年9月12日，为贯彻落实《教育部 国家卫生健康委员会 上海市人民政府关于共建托管复旦大学上海医学院及其直属附属医院的意见》（教高函〔2018〕16号），加快建设中国特色世界一流医学院，走出一条综合性大学办医学院的新路，结合上海医学院实际情况和发展需要，对上海医学院现有内设机构进行调整，并新设部分机构。上海医学院办公室更名为上海医学院党政办公室，赋予新的职能。新机构的性质、定位和职责都发生了重大变化，从过去学校党政派出机构下属的一个行政职能为主的部门转变为参照市属高校管理的局级领导班子下设的兼具党委和行政办事机构职能的综合部门。
2020年1月，复旦大学上海医学院成立防控新型冠状病毒感染肺炎疫情工作领导小组，领导小组下设办公室，挂靠医学党政办。
2020年下半年，为拓展医学院校区，学校成立青浦专班，挂靠医学党政办。
2022年3月，医学院党委决定成立上海医学院院庆办公室/院史研究办公室（简称“院庆办”），为非常设专项工作协调机构，挂靠医学党政办。
2023年3月，根据上海医学院机关部门搬迁的总体安排，医学党政办腾挪搬迁至图文信息楼18层。
部分史料来源《上海医科大学志》《复旦大学上海医学院纪事（2000.4-2012.9）》
